Penelitian arkeologis yang dilakukan Australian National University – seperti dikemukakan Matthew Spring dalam tulisannya, "Recent Advances in Our Knowledge of Molucca's Earliest History"1 –mengungkapkan bahwa Maluku telah didiami manusia sejak zaman es (pleestocene), sekurang-kurangnya 30.000 tahun lalu. Ketika itu, Maluku merupakan kawasan kritis yang menjadi mata rantai penghubung antara kawasan Pasifik dan Asia Tenggara. Menurut sejumlah sarjana, kawasan ini memiliki peran penting dalam masa prasejarah. Ia merupakan daerah lintas strategis bagi perpindahan penduduk Asia Tenggara ke Melanesia dan Mikronesia. Bahkan, Richard Shutler Jr. mengemukakan hipotesis bahwa Halmahera, pulau terbesar di Maluku, merupakan kunci untuk menetapkan lokasi tanah asal penduduk yang berbahasa Austronesia. Situs dan benda prasejarah telah ditemukan di pulau Waidoba dan Taneti (Kayoa), serta di Doro dan Tanjung Luari (Kao dan Tobelo). Sementara
benda-benda peninggalan tradisi batu besar, berupa batu-besar (megalitik) di Ternate dan batu-kecil (neolitik) di Waidoba, juga telah ditemukan.2 Penduduk pertama Australia dan Papua mungkin telah menetap di kawasannya sekitar 60.000 tahun yang silam. Mereka berasal dari Asia serta sampai ke Australia dan Papua dengan melintasi Maluku. Ketika itu, bagian pulau Aru terletak pada kontinen yang sama dengan daratan Papua dan Australia. Hal ini terlihat dari persamaan jenis burung dan hewan. Burung Cendrawasih, misalnya, dapat ditemukan di Aru ataupun di Papua. Sementara
Kangguru terdapat baik di Aru, Papua maupun Australia.