Penyebara malaria secara umum dipengaruhi oleh berbagai hal, seperti: perubahan lingkungan, vektor, sosial budaya masyarakat, resistensi obat dan akses pelayanan kesehatan. Pada hal-hal tersebut di atas, program pengendalian malaria diarahkan. Pengendalian malaria di Indonesia memiliki tujuan untuk mewujudkan masyarakat yang terbebas dari penularan malaria sampai tahun 2030 dengan menurunnya kasus malaria dari 2 menjadi 1 per 1.000 penduduk. Kebijakan eliminasi ini, Provinsi Papua dan Papua Barat ditargetkan masuk tahap IV eliminasi yaitu bebas malaria di tahun 2030. Usaha pengendalian malaria di Tanah Papua sendiri sudah berlangsung sejak jaman Hindia Belanda.