Ketika Majapahit runtuh (1527), Jawa menjadi daerah yang tidak bertuan dan tidak mengenal satu kekuasaan tunggal. Pada saat yang bersamaan pula, Wali Sanga mulai menyebarkan Islam melalui pesisir Utara dan Portugis telah datang ke Sunda Kelapa.

Kekuasaan tak berpusat tersebar praktis di seluruh Jawa, menyebabkan keadaan kacau balau. Perang yang terus menerus untuk merebut kekuasaan tunggal membuat Pulau Jawa bermandikan darah. Sehingga yang muncul di Jawa adalah daerah-daerah kecil (desa) yang berbentuk Perdikan (desa yang tidak mempunyai kewajiban membayar pajak kepada pemerintah penguasa) dan menjalankan sistem demokrasi desa, dengan penguasanya yang bergelar Ki Ageng. Adalah Ki Ageng Pamanahan menguasai Mataram dan mendirikan Kota Gede pada 1577. Kemudian Panembahan Senapati, anak Ki Ageng Pamanahan naik menjadi Raja Mataram.

Saat bersamaan muncul pula sebuah daerah Perdikan Mangir dengan pemimpinnya yang bernama Ki Ageng Mangir Wanabaya. Seperti layaknya daerah-daerah lain di Jawa, pertempuran perebutan kekuasaan pun tidak terelakkan, demikian pula antara Mangir dan Mataram. Hal ini sangat dimungkinkan karena letak Perdikan Mangir dan Mataram yang sangat berdekatan, sekitar ± 30 km. Maka persaingan antara dua kekuasaan tersebut menjadi tidak terelakkan lagi, terlebih dengan usaha penggenapan janji Ki Ageng Pamanahan kepada Joko Tingkir (Sultan Hadi Wijaya) untuk menguasai sepenuhnya Mataram.

Pada akhirnya Mangir kalah setelah Ki Ageng Mangir mati di tangan Panembahan Senapati sewaktu menghadap bersama Sekar Pembayun dalam sebuah perkawinan rekayasa yang dibuat oleh Mataram dalam rangka menghancurkan kekuasaan Mangir dan daerah-daerah lain yang turut membantu Mangir, dan pada 1581 Ki Ageng Pamanahan berhasil menguasai Mataram (dan sekitarnya).