Pengungkapan biodiversitas, preservasi, dan pemanfaatan mikroorganisme perlu strategi sehingga dapat menghasilkan produk berdampak ekonomi dan juga berkontribusi pada daur ulang ekonomi untuk menjaga bumi. Bioekonomi dari suatu bioproduk harus sudah dipikirkan pada saat mulai melakukan riset dan inovasi untuk pemanfaatan mikroorganisme. Bioekonomi sirkular juga perlu dipertimbangkan sebagai strategi riset dan inovasi bakteri dan arkea untuk pembangunan berkelanjutan. Pada naskah ini, dipaparkan biodiversitas dan pengelolaan mikroorganisme Indonesia khususnya dari Domain Bakteri dan Arkea; beberapa contoh potensi untuk dikembangkan lebih lanjut dalam bidang kesehatan, pangan fungsional, dan lingkungan; perkembangan riset biodiversitas bakteri dan arkea; serta strategi untuk kemajuan riset dan inovasi di bidang kesehatan, pangan, dan lingkungan menuju Indonesia Emas 2045.